Сюжет "Яконура" построен на столкновении двух противоборствующих лагерей. Один из них составляют сторонники возведённого на берегу озера Яконур химического комбината. Представители этого лагеря равнодушны к судьбе озера и его обитателей, к жизненно важным проблемам, волнующих лагерь "другого берега", представленный абсолютным большинством персонажей. Именно представители этого лагеря приходят к пониманию и ощущению своей органической, кровной связи с Яконуром, то есть с природой, её живым дыханием, с преемственностью поколений, эстафетой жизни, передаваемой из прошлого в будущее.